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ファイル形式変換②~fastaからarp形式へ

Arlequinに読み込ませるファイルを作るのって面倒臭いですよね~。特に集団数が多くなってくると!
microsatelliteのデータはGenepopを使えば簡単にarp形式へ変換できるのですが、ミトコンドリアなどの配列データを変換してくれるソフトは見つけることはできませんでした(ーー;)

ってことでfastaからarp形式へ変換するPerlスクリプトを作成しました!w

FtoA.txt
FtoA2.txt
FtoA3.txt
(より快適になるよう修正しました。2013/11/17)

上のファイルを保存して下さい。


以下、必要なもの&使い方
(すでにPerlが使える環境が前提です。環境がない方は前の記事を参考にして下さい)

☆必要なファイル(同じフォルダに保存
・FtoA3.txt(ファイル名は本人がわかればなんでもいいです)
・アラインメントした後のfastaファイル←塩基配列長が揃っている必要あり!!
 fasta形式のファイルがわからない方は前回のブログを見て下さい。
 ここでちょっとファイルをいじります。以下のように、集団ごとに「pop 集団名」を書きます。popと集団名の間はひとつ以上のスペースをあけて下さい。
(集団名を入れなくても問題なく動くように変更しました。集団名を入れない場合、最初の個体の名前が集団の名前になります。2013/11/17更新)

全画面キャプチャ 20131028 213024

ちなみに、
全画面キャプチャ 20131028 213157

のように途中で空行や改行が入っても大丈夫!!(こんな風にはわざとやらないかぎりなりませんがw)
ただ、繰り返しになりますが塩基配列長が揃っている必要があります!
(塩基配列長が違う配列があった場合、エラーを出すように変更しました。2013/11/17)

☆使い方
①「FtoA3.txt」が保存されているフォルダでコマンドプロンプトを立ち上げる
 「shift」を押しながら右クリック→「ここでコマンドウィンドウを開く」をクリック

②コマンドを入力(fastaファイル名がexample.fasの場合)
 >perl FtoA3.txt example.fas


以上です。

そうするとこのようなファイルが出力されます。

全画面キャプチャ 20131028 213444

少なくともArlequin ver 3.5.1.2では動きましたので大丈夫かと思います。
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